Prvé kontakty jezuitov s Prešovom boli od roku 1583, keď Anton Possevino SJ ako pápežský legát Gregora XIII. skúmal náboženskú situáciu na východnom Slovensku. Jezuiti tu krátko pôsobili v rokoch 1604 a 1620; vtedy boli v Nižnej Šebastovej pochovaní dvaja, dnes už svätí košickí mučeníci – Štefan Pongrác a Melichar Grodecký.
Trvalejšie sa jezuiti mohli usadiť v Prešove až v roku 1673, no kvôli povstaniu sedmohradských protestantských kniežat boli spolu s františkánmi v roku 1681 a 1707 vyhnaní z Prešova. Vrátili sa 1. januára 1711, keď sa začala druhá, relatívne pokojnejšia etapa ich apoštolskej činnosti. Vynaložili v nej veľa duchovného úsilia o obnovu katolíckej viery – vysluhovali sviatosti, katechizovali deti i dospelých, starali sa o nemocnicu, väznicu i vojenskú posádku.
&n